Флинна обвиняют в даче ложных показаний Конгрессу и связях с российскими чиновниками.
Одной из таких связей выступили контакты между Флинном и послом РФ в США Сергеем Кисляком, в котором Флинн выступал кем-то вроде «посредника» в вопросе американских санкций против России.
Сразу после того, как в 2016 президент Барак Обама подписал указ о санкциях, Кисляк связался с Флинном, а тот, в свою очередь, позвонил человеку из переходной команды Трампа для консультаций. Позже Флинн перезвонил Кисляку и попросил, чтобы «Россия не нагнетала обстановку» в связи с введением США штрафных мер. После этого российский посол сообщил ему, что Москва решила не прибегать к ответным действиям. Обо всех своих коммуникациях с российской стороной Флинн сообщал члену переходной команды Трампа.
Во время допроса, который сотрудники ФБР провели в январе 2017 года, Флинн все отрицал, однако, вскоре после допроса подал в отставку, а в декабре прошлого года признал свою вину.